玉溪农业职业技术学院的前身是国家级重点中专——玉溪农业学校，成立于1956年，1991年经省教委评估为合格中专学校，1993年被省政府认定为省部级重点中专学校，2000年首批步入国家级重点中专的行列。2002年3月22日，经云南省人民政府批准、教育部备案，独立升格为以举办高等职业教育为主的、面向全国招生的全日制公办高等职业学院。玉溪农业职业技术学院目前已经形成以专科层次全日制高职教育为主，普通专科、成人本（专）科、普通中专、短期培训等为辅的多层次、多渠道、多形式的办学格局。
学院占地300余亩，拥有48个校内实训实验室、2个校内农场、1个养殖场，49个校外实训基地，多媒体教室48间，座位数3184个。教学行政用房3.3万平方米，教学科研仪器设备1427.2万元，图书馆藏书37.2万册，其中电子图书20万册，学生宿舍2.7万平方米。
院系设置
三年制专科
| 系部名称 | 专业名称 | 系部名称 | 专业名称 |
| 建筑与环境艺术工程系 | 测绘工程技术 | 经济管理系 | 会计 |
| 园林技术 | 电子商务 | ||
| 环境艺术设计 | 文秘 | ||
| 工程造价 | 市场营销 | ||
| 工程测量与监理 | 农业经济管理 | ||
| 园林工程技术 | 物流管理 | ||
| 农林科学系 | 烟草栽培技术 | 信息技术与电气工程系 | 室内设计技术 |
| 中草药栽培技术 | 广告设计与制作 | ||
| 农产品质量检测 | 计算机应用技术 | ||
| 种子生产与经营 | 计算机多媒体技术 | ||
| 园艺技术 | 供用电技术 | ||
| 动物科学系 | 畜牧兽医 | 电气自动化技术 | |
| 兽医 | 汽车检测与维修技术 | ||
| 动物防疫与检疫 | 食品药品工程系 | 生物制药技术 | |
| 宠物养护与疫病防治 | 食品加工技术 | ||
| 生物技术及应用 | |||
| 专业名称 | 学制 | 层次 |
| 农产品保鲜与加工 | 五年 | 专科 |
| 美术设计与制作 | 五年 | 专科 |
| 园林技术 | 五年 | 专科 |
| 工程测量 | 五年 | 专科 |
| 会计 | 五年 | 专科 |
| 电子商务 | 五年 | 专科 |
| 畜牧兽医 | 五年 | 专科 |
| 专业名称 | 学制 | 层次 |
| 果蔬花卉生产技术 | 三年 | 中专 |
| 园林绿化 | 三年 | 中专 |
| 农产品保鲜与加工 | 三年 | 中专 |
| 烟草生产与加工 | 三年 | 中专 |
| 畜牧兽医 | 三年 | 中专 |
| 计算机应用技术 | 三年 | 中专 |
学院的学费、住宿费等收费标准执行省、市教育厅(局)、省、市物价局收费的相关规定。三年制专科各专业收费均为4500元/年；五年制大专前三年免收学费（按中职），后两年4000元/年；三年中专各专业免收学费。住宿费根据不同标准在600-1000元/年之间。
